要はVLC提供のプラグインを使うってだけの話です。
まずVideoLAN - Official Download of VLC media player for Mac OS Xにアクセスし、
Download VLCボタン右の下矢印をクリックすると項目が出てきます。
VLC Web Browser plugin packgageをクリックします。
dmgファイルのダウンロードが開始します。（VLC本体よりサイズでかい＞＜）
DL後、dmgファイルを開き、VLC Plugin.pluginをすぐ右のInternet Plug-Insエイリアスに
ドラッグ＆ドロップします。（要管理者権限）
Safariを再起動し「環境設定」-「セキュリティ」-「プラグイン設定」にてVLC Web Pluginという項目が追加されていることを確認します。
（他のプラグインと同様に、各サイトでのプラグイン使用許可を与える必要があります）
少し試してみたところ、残念ながら<video>タグで埋め込まれたものは再生できないっぽいです。
うーん、これだったらchromeで開いた方が早いし便利かな…。