-[NSWindow setFrameAutosaveName:]で指定すれば自動的に保存／復帰してくれるようです。
参考: cocoa - Where does the setFrameAutosaveName method save the window's position? - Stack Overflow
参考: NSWindow Class Reference - setFrameAutosaveName:
以前はInterface Builder上から直接指定できた気がしたんですが無くなったんですかねー。