Xcodeの"Build Phases" - "Run Script"内で動的に生成したファイルをアプリケーションバンドル内に埋め込む

cp /tmp/foo.txt ${BUILT_PRODUCTS_DIR}/${PRODUCT_NAME}.app

という指定方法で動的生成したファイルをコピーできる模様。

参考: xcode - Build phase that create a Plist and copy it in resource bundle - Stack Overflow

なお、[[NSBundle mainBundle] resourcePath] に相当するものは

${BUILT_PRODUCTS_DIR}/${UNLOCALIZED_RESOURCES_FOLDER_PATH}

と書けるようなので、リソースファイルを埋め込む場合はこちらが楽かもしれません。