WebViewでwindow.alert()の内容を取得する

WebUIDelegateでwebView:runJavaScriptAlertPanelWithMessage:initiatedByFrame:を実装すれば良いようです。

参考: WebUIDelegate Protocol Reference
参考: CallJS - Apple Developer

CallJSではwebView:runJavaScriptAlertPanelWithMessage:を使っていますが、10.4でdeprecatedになった模様。